Malpelo es un archipiélago rocoso constituido por la Isla de Malpelo y once peñascos. La altura máxima de la isla es de 300 metros sobre el nivel del mar. Sus paredes descienden abruptamente hasta los 4.000 metros de profundidad.
El Santuario de Fauna y Flora (SFF) Malpelo, creado en el año de 1995 y ampliado en su área marina en el 2005, es hoy en día, la novena área marina protegida más grande del mundo, con una extensión de 9.584 km2 . Este Santuario, ha recibido la designación de Área AICA (Área de Importancia para la Conservación de las Aves) por parte de BirdLife Internacional y por el Instituto de Investigaciones Alexander Von Humboldt, así como de "Zona Especialmente Sensible" ante la Organización Marítima Internacional (OMI) y declarado el 12 de julio de 2006, como Sitio de Patrimonio Natural de la Humanidad por la UNESCO.
La isla de Malpelo tiene una importancia geopolítica para Colombia. Por un lado, le confiere límites marítimos con Costa Rica y por el otro lado, hace posible que Colombia extienda su mar territorial y su Zona Económica Exclusiva a 200 millas más al oeste de la isla.
Sobre la isla con un área de 1,2 km2 , habita una gran cantidad de especies. Hasta la fecha, se han reportado 60 especies de aves entre las cuales se destaca la colonia reproductiva más grande del mundo del piquero enmascarado (Sula granti). Viven también en Malpelo varias especies endémicas como el cangrejo terrestre (Gecarchinus malpilensis), la lagartija (Anolis agassizi), el lagarto punteado (Diploglossus millepunctatus) y el geko (Phyllodactus traversalis).
Las aguas que circundan la isla de Malpelo albergan una gran cantidad de ecosistemas y especies diferentes. Entre los ecosistemas más importantes se encuentran una de las formaciones coralinas del Pacífico colombiano. Asociados a los ecosistemas de coral, de roca, de túneles, de cavernas, de fondos de arena y el oceánico se encuentran una gran variedad de peces, moluscos, crustáceos, equinodermos, reptiles marinos y mamíferos marinos.
Malpelo es un sitio esencial para muchas especies migratorias o en peligro de extinción y de agregación de especies, muchas de ellas de importancia comercial como atunes, pargos, júreles, meros, entre otros. Además es un importante lugar para el reclutamiento, la reproducción, la dispersión y la limpieza de las especies.
La naturaleza volcánica del archipiélago y ciertos procesos erosivos han creado paisajes submarinos espectaculares. Esto y la gran concentración de tiburones martillo y otras especies han hecho que Malpelo sea considerado como uno de los mejores sitios para practicar el buceo avanzado.
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